Процесс определения границ между Чечней и Ингушетией привёл к противостоянию муфтията и руководства республики. Как сообщает информпортал Islam news, руководитель духовного центра неоднократно призывал старейшин и имамов выйти на улицы с протестами против правительства Ингушетии. Мечети превратились в площадки для политических дискуссий и сбора подписей, а республиканских чиновников и депутатов вызывали в шариатский суд и оказывали религиозное давление, грозя отлучением от мусульманской уммы.
В конце 2018 года КЦМСК выступил с заявлением, в котором счёл вопросы определения границ республик не в компетенции шариатского суда Ингушетии, поскольку они относятся к законодательству РФ.
Муфтии Северного Кавказа призвали ИсуХамхоева задуматься об ошибочности своих действий и последствиях, к которым они могут привести. Однако, «смутьян» проигнорировал приглашение центра и на совет так и не явился. Его действия расценили как пренебрежение к шариату и вековым традициям горцев. Участие ингушского муфтия в работе КЦМС приостановили до того момента пока руководство Духовного центра мусульман «не вернётся в рамки шариатских норм поведения и адатов народов Северного Кавказа».